房協樓一向被視為優於居屋，早前有一些房協樓貨尾單位重售，屬屋苑現樓項目，並已入伙，不但設有會所和園林景緻，單位內更有裝修和贈送電器，與居屋的清水樓相差甚遠，而且售價方面以五一折定價，較早年以7折出售還要優惠。雖然房協樓都屬於資助房屋，不過其按揭程序與居屋大為不同，而且門檻較居屋高，有意購入房協樓的準業主需要做足功課。 首先，在按揭成數方面，房協樓一手按揭成數最高只可達9成，其中三大行最多可以為房協樓承造30年按揭，其他銀行則會視房協樓為未補地價房屋，最多只能承造25年按揭；要留意的是，房協樓最長還款期也考慮到借款人或擔保人年齡，不一定可以做足30年。而新居屋綠表買家按揭最多可借9成半，還款年期最長25年；至於白表的居屋按揭申請最多只可借9成，最長還款期為25年。業主慳按保費用其次，房協樓的買家可不經按揭保險公司，直接於銀行承造高成數按揭，買家可以節省按保費用。惟銀行仍需要為申請人進行壓力測試。做法與買私樓相若，故房協新樓按揭申請門檻明顯較新居屋為高。由於銀行承造整份按揭，計算收入時會較為寬鬆，非固定收入包括佣金也可計算在內。不過一旦壓測不過關，就需要加擔保人，如擔保人有按揭在身，有些銀行按揭成數最多只可以5成。至於新居屋業主因為有政府擔保30年，故按揭毋須經壓力測試，亦不需要另找擔保人，只需申報家庭總收入，以證明有能力供樓。 按揭回贈有優勢按揭利率方面，目前房協樓和居屋相同，最優惠計劃為1個月拆息（H）加1.3%，封頂利率為最優惠利率（P）減2.75%，實際封頂利率2.875%。而按揭回贈方面，房協樓亦較私人住宅着數，後者就算借足9成按揭貸款，現金回贈率僅以6成部分計算，但房協樓現金回贈則以全數貸款額計算。另外，坊間有不少按揭中介提供額外現金回贈，可以自行比較。提醒買家一句，根據金管局指引，如現金回贈超過1%需要扣減貸款額。如果買家睇中的是二手房協樓，並要借9成高成數按揭，就需要經按揭保險，程序和私樓一樣嚴謹，需要提供稅單等文件，能否分30年攤還，需要考慮借款人、擔保人年齡、樓齡等因素。至於在估價方面，房協樓和居屋往往同樣面對估價比市價低的情況，而二手房協樓由於涉及按揭保險，按揭保險公司亦會對物業估價，如發現估價偏離合約價太多，可能會以估價計算貸款額，變相買家有機會未能借足想要的資金。
