現在我們生活在一個污染嚴重的環境中，周遭許多污染物都不是大自然的一部分，而是人造化學物質，我們卻會從空氣、飲用水以及許多食用的食物中去吸收。人類的免疫系統旨在驅除每日由周圍環境中攝取的入侵者，像是病毒、細菌、真菌和其他細菌。通常我們對保護系統的前線部隊在我們的細胞之間發動的戰鬥一無所知，它們防止了各種感染甚至腫瘤的發展。但是，這些污染物中最壞的結果是會導致人體自我攻擊。正常的T1輔助細胞和T2輔助細胞通常攻擊並清除引起疾病的入侵元素，打開健康組織並對其造成損害。在多發性硬化、帕金森氏病、慢性疲勞、纖維肌痛、癌症、關節炎、潰瘍性結腸炎、克羅恩氏病等情況下，這會導致疾病。自發現自身免疫性疾病以來，已進行了大量研究。而目前的觀點是，由於它們是多種因素共同作用出來的結果—遺傳易感性，若沒有環境因素和病原體，可能永遠不會觸發遺傳易感性。形成哪種條件可能取決於個人環境的細節，包括一個人居住的地方、從事的行業、受傷等經歷。儘管尚未找到治療自身免疫性疾病的方法，但有許多療法可減少其影響並使患者過上幸福而正常的生活。通常，能夠使用兩管齊下的方式。首先，可能要搬到新地區並改變飲食及活動以避免加重病情的原因。而第二種則是添加補充酵素以支持免疫系統，特別是蛋白酵素，已被證明有助於改善自身免疫系統的相關狀況。人體對損傷和炎症起反應，當白細胞與入侵者戰鬥時會升高組織的溫度。如果炎症持續存在，則會破壞組織。當身體的保護者攻擊它時，組織會發炎並受損，我們便會意識到疼痛。治療旨在控制炎症，以限制其潛在的損害，而鎮痛作用是該治療的副作用，其減少了炎症和腫脹，同時增強了免疫系統。一些研究表明，針對免疫複合物形成的酵素可以緩解免疫複合物的功能障礙。克羅恩氏病或潰瘍性結腸炎取得了良好的效果。在現代生物化學的重大發現裡，被稱為蛋白酵素的酵素是在日本被挖掘出來，並被研究得知具有廣泛的用途，能夠分解不需要的組織，例如疤痕和血管阻塞。
